EMDR terapie pracuje na principu dvojité stimulace mozku, obvykle pomocí očních pohybů, ale může také zahrnovat jiné formy bilaterální stimulace, jako je klepání na ruce či nohy nebo zvukové stimuly. Terapie je založena na teorii, že traumatické vzpomínky mohou zůstat nezpracovány v mozku a způsobovat psychické problémy. EMDR pomáhá přetvářet způsob, jakým mozek zpracovává stresující nebo bolestivé vzpomínky, a umožňuje klientovi lépe se s těmito zážitky vyrovnat a následně zvyšuje a podporuje psychickou odolnost a kapacitu klientů.
Zajímavostí na EMDR terapii je, že i když byla původně vyvinuta k léčbě posttraumatické stresové poruchy (PTSD), její využití se v posledních letech rozšířilo na řadu dalších problémů, jako jsou úzkostné poruchy, fobie, deprese nebo dokonce chronická bolest. Některé výzkumy naznačují, že účinnost terapie může být spojena s mechanismem, který připomíná procesy spojené se spánkovými fázemi REM (Rapid Eye Movement), kdy mozek přirozeně zpracovává a ukládá vzpomínky. Tento propojený proces stimulace očí během terapie může tedy napomáhat efektivnějšímu zpracování emocionálních bloků.